Tại Bệnh viện Nguyễn Trãi, các quy định về đấu thầu, chỉ định thầu theo quy định của pháp luật đã bị chủ đầu tư bỏ qua, có dấu hiệu thực hiện chỉ định thầu không đúng với quy định của Luật Đấu thầu.
Mặc dù các quy định về điều kiện chỉ định thầu rất cụ thể và rõ ràng, tuy nhiên một loạt các gói thầu do Ban QLDA đầu tư xây dựng huyện Yên Dũng làm chủ đầu tư lại vi phạm quy định pháp luật.