Theo Kiểm toán Nhà nước, một số gói thầu tại Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức có hồ sơ quản lý chất lượng chưa đầy đủ. Xây dựng đầy đủ các yếu tố chi phí nhưng còn tồn tại một số khoản chi chưa có cơ sở, bất hợp lý (phí sử dụng máy, giá trị thương hiệu, khoản cho đối tác liên kết, chi bồi dưỡng khoa phòng...) thực tế không phải chi hoặc chi với mức thấp (khấu hao nhà cửa, chi phí công nghệ thông tin, đào tạo chuyển giao công nghệ)... tạo thêm gánh nặng cho bệnh nhân.
KTNN cũng chỉ ra rằng, Bộ Y tế đã thẩm định, phê duyệt dự toán chậm, vượt thời gian quy định; một số gói thầu phê duyệt danh mục mua sắm còn thiếu căn cứ, chưa tổng hợp hết ý kiến của các thành viên trong Hội đồng khoa học.
Tại Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức, Hội đồng khoa học họp thông qua danh mục cấu hình sơ bộ và dự toán TTBYT một số gói thầu cho có thủ tục để hợp lý hóa, không tiếp thu ý kiến thẩm định của Vụ Trang thiết bị và Công trình y tế, không trình Bộ Y tế phê duyệt kế hoạch đấu thầu mà thực hiện mua trực tiếp theo kết quả đấu thầu của bệnh viện khác.
Trong công tác lựa chọn nhà thầu cung cấp TTBYT, một số cơ sở y tế lập hồ sơ mời thầu chưa đầy đủ, không đảm bảo tính cạnh tranh. Công tác xét thầu tại một số gói thầu thực hiện chưa đúng quy định; chấm thầu chưa bám sát yêu cầu của hồ sơ mời thầu dẫn đến sai lệch kết quả đánh giá. Một số gói thầu thương thảo, ký hợp đồng chưa chặt chẽ; nghiệm thu đưa vào sử dụng một số thiết bị không đảm bảo theo cam kết…
Năm 2018, Bộ Y tế đã giao chỉ tiêu giường dịch vụ theo yêu cầu để hạn chế việc khai thác giường dịch vụ quá mức, tuy nhiên Bệnh viện vẫn bố trí giảm giường thường và tăng giường dịch vụ so với kế hoạch của Bộ giao, làm ảnh hưởng đến quyền lợi của người bệnh bảo hiểm xã hội (BV Việt Đức chiếm 46,4 %).
Hay, nhiều khoản thu chưa có trong cơ cấu giá, không có trong danh mục giá dịch vụ khám hơn 255 tỷ đồng (vòng đeo tay, vòng định danh, sao y bệnh án, phẫu thuật nhà khu kỹ thuật cao). Các khoản thu này chưa có cơ chế quy định rõ ràng, dẫn đến thiếu minh bạch; công tác nghiệm thu thanh toán một số gói thầu còn tình trạng vượt khối lượng thực tế thi công.
Bệnh viện còn đưa cơ cấu giá một số nội dung chưa phù hợp và chưa phát sinh như: Chỉ đào tạo chuyển giao công nghệ (5% quỹ lương, dịch vụ; chi bảo hiểm dân sự 1% nghề nghiệp; 10 phẫu thuật tim mạnh năm 2018-2019 chưa phản ánh giá trị thương hiệu của bệnh viện là 10% chi phí, tương đương 8% giá dịch vụ; tuy nhiên thực tế do bệnh nhân thực hiện nên chưa phát sinh khoản thu phí; tỉ lệ chi phí khấu hao trang thiết bị trong cơ cấu giá của bệnh viện là 3,2-4,2% so với thực tế.
Bệnh viện Việt Đức đưa vào cơ cấu giá một số nội dung chưa phù hợp và chưa phát sinh như chi đào tạo chuyển giao công nghệ, chi bảo hiểm trách nhiệm dân sự... Thực tế không phải chi, hoặc chi với mức rất thấp (khấu hao nhà cửa, chi phí công nghệ thông tin...) tạo thêm gánh nặng chi phí cho bệnh nhân. Còn các khoản chi chưa đảm bảo quy định như chi phụ cấp, chi chính sách hỗ trợ bác sỹ 68 triệu đồng. Hay việc thu tiền phụ phí giường, phẫu thuật nhà kỹ thuật cao hơn 132 triệu đồng.