Cụ thể, C03 đã yêu cầu UBND tỉnh Đồng Nai cung cấp toàn bộ tài liệu về chủ trương đầu tư, chuyển nhượng, các văn bản chỉ đạo của cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền trong quá trình thực hiện dự án Khu dân cư Long tân – Phú Thạnh. Cùng với đó, cơ quan Cảnh sát điều tra yêu cầu chính quyền tỉnh Đồng Nai cung cấp các văn bản báo cáo của Tổng Công ty Tín Nghĩa, Công ty Cổ phần Đầu tư Nhơn Trạch trong quá trình đầu tư dự án.
Trước đó, năm 2010 tại dự án trên Thanh tra Chính phủ đã kết luận nhiều dấu hiệu sai phạm. Cụ thể, năm 2004 UBND tỉnh Đồng Nai có quyết định chấp thuận chủ trương và giới thiệu địa điểm cho Công ty TNHH Tín Nghĩa và Công ty Cao su Đồng Nai lập thủ tục đầu tư khu dân cư Long Tân - Phú Thạnh. Diện tích ban đầu để triển khai dự án là hơn 500ha, phải đấu giá quyền sử dụng đất theo quy định của Luật Đất đai 2003 và các Nghị định có liên quan
Tiếp đến, tháng 11/2007, UBND tỉnh Đồng Nai đã có quyết định giao đất cho Công ty Cổ phần Đầu tư Nhơn Trạch không thông qua đấu giá. Trước đó, Sở Tài nguyên và Môi trường cũng có văn bản đề nghị UBND tỉnh đấu giá khu đất này theo đúng quy định của pháp luật.
Với đơn giá mà doanh nghiệp phải thực hiện nghĩa vụ tài chính là 800 ngàn đồng/m2 (theo bảng đơn giá đất năm 2007 được UBND tỉnh Đồng Nai ban hành). Tuy nhiên, cơ quan Thanh tra cho rằng đơn giá này chưa sát với giá chuyển nhượng quyền sử dụng đất thực tế thị trường trong điều kiện bình thường tại khu vực.
Cụ thể, thời điểm Công ty Cổ phần Đầu tư Nhơn Trạch được UBND tỉnh Đồng Nai ban hành quyết định giao đất, giá đất mặt tiền đường 25 B đoạn đi qua xã Phú Thạnh địa điểm triển khai dự án có giá không dưới 1 triệu đồng/m2.
Tuy nhiên, cuối năm 2007, Sở Tài chính tỉnh Đồng Nai phối hợp với các sở, ngành có liên quan để xác định giá đất làm căn cứ thu tiền sử dụng đất đối với dự án trên. Sau đó, đượcUBND tỉnh Đồng Nai chấp thuận với đơn giá 900.000 đồng/m2. Giá trên được cho không có căn cứ vào khảo sát giá thực tế của UBND huyện Nhơn Trạch, không tiến hành các bước theo trình tự, thủ tục để xác định giá đất là không đảm bảo quy định.
